鉴于贾谊在政治、经济方面的突出才能和优异表现，汉文帝决定进一步重用他，计划提拔他担任“公卿”之职——公卿是朝廷最高级别的官员，包括丞相、太尉、御史大夫等，相当于现代的国家领导人。这一决定立刻引发了朝堂上的轩然大波，以绛侯周勃、颍阴侯灌婴、东阳侯张相如、御史大夫冯敬为首的功臣集团，纷纷向汉文帝进言诽谤贾谊。他们认为贾谊“年少初学，未经世事”，却“专欲擅权，纷乱诸事”，担心贾谊一旦进入公卿行列，会推行更多改革政策，动摇他们的既得利益。这些功臣大多是跟随刘邦打天下的老将，在朝堂上势力庞大，汉文帝初即位时，很多政策还需要依靠他们的支持。在功臣集团的不断施压下，汉文帝逐渐疏远了贾谊，不再像以前那样频繁采纳他的建议，贾谊的政治理想第一次遭遇了沉重的打击。
汉文帝四年（公元前176年），汉文帝为了平息功臣集团的不满，同时也想让贾谊“历练一番”，下诏将贾谊外放为长沙王太傅。长沙国是西汉初年分封的诸侯国，地处南方，气候潮湿，离京师长安有数千里之遥，当时被视为“蛮荒之地”；而“太傅”一职，主要负责教导诸侯王读书识字、学习礼仪，没有实际的政治权力。对于满怀壮志的贾谊来说，这次外放无疑是一次沉重的贬谪。他带着满腔的失落与愤懑踏上行程，当途经湘江时，想到战国时期楚国大夫屈原也曾因遭奸人陷害，被楚怀王流放，最终投汨罗江而死，不禁触景生情，写下了著名的《吊屈原赋》。在赋中，他以“鸾凤伏窜兮，鸱枭翱翔”比喻贤才被排挤、奸佞得势的现实，以“彼寻常之污渎兮，岂能容吞舟之鱼”抒发自己的怀才不遇，字里行间充满了对时政的不满和对自身命运的感慨。
贾谊在长沙任职期间，并未因贬谪而消沉，依然时刻关注着朝堂动态。当时，绛侯周勃因被人诬告“谋反”，被捕入狱，受尽了狱卒的欺凌。贾谊得知后，立刻上疏汉文帝，写下《阶级》一文（又称《治安策》节选）。在文中，他主张“刑不上大夫”，认为大臣是皇帝的“股肱之臣”，即便犯错，也应给予体面的处罚，而不应像对待普通百姓一样将其逮捕入狱、侮辱人格。他指出，若皇帝不尊重大臣，百姓也会效仿，最终导致“君臣无别，上下无序”，不利于政权的稳定。汉文帝看完后深受触动，不仅下令赦免了周勃，恢复了他的爵位，还下诏修订法律，规定大臣犯罪后，先由皇帝召见问责，若确实有罪，再令其自行请罪，避免对大臣进行公开羞辱。
当时，汉朝的币制也存在严重问题：汉文帝为了宠信邓通，将蜀郡严道的铜山赐给了他，允许他自行铸造钱币；同时，吴王刘濞也凭借封地内的豫章铜山，大规模铸钱。由于邓通和刘濞铸造的钱币质地精良、成色足，很快便在全国范围内流通，甚至超过了朝廷铸造的法定货币，导致“邓氏钱”和“吴钱”遍布天下，币制混乱不堪。贾谊深知，货币是国家经济的“命脉”，私人铸钱不仅会导致朝廷财政收入减少，还会因钱币成色、重量不一，给百姓交易带来不便，甚至可能让诸侯王凭借铸钱积累财富，增强反叛的实力。因此，汉文帝五年（公元前175年），贾谊在长沙再次上疏，写下《谏铸钱疏》，详细分析了私人铸钱的危害，建议汉文帝下令禁止私人铸钱，由朝廷统一铸造货币，规范币制。然而，汉文帝此时正宠爱邓通，且担心禁止私人铸钱会引起吴王刘濞的不满，最终没有采纳贾谊的建议，这也为后来的“吴楚七国之乱”埋下了隐患。
贾谊在长沙担任太傅的第三年，一件不幸的事让他更加消沉：一只鵩鸟（即猫头鹰）飞入了他的房间，停在了他的座位旁边。在当时的观念中，猫头鹰是“不祥之鸟”，被认为是“报丧之鸟”，一旦飞入家中，便预示着主人会遭遇灾祸或死亡。贾谊本就因被贬居长沙而心情抑郁，又因当地气候潮湿，患上了风湿之症，常自感寿命不长。如今鵩鸟进宅，更让他觉得自己的命运已然注定，于是写下了《鵩鸟赋》。在赋中，他以老庄“齐生死、等祸福”的思想自我宽慰，认为“万物变化兮，固无休息”“祸兮福所倚，福兮祸所伏”，试图以豁达的心态面对命运的波折。然而，赋中的“且夫天地为炉兮，造化为工；阴阳为炭兮，万物为铜”，却也透露出他对自身命运无法掌控的无奈与悲怆。
谪居长沙三年后，汉文帝终于想起了这位才华横溢的臣子，下诏将贾谊征召入京。此次召见的地点并非朝堂，而是未央宫祭神的宣室——当时汉文帝正被“鬼神之事”所困扰，听闻贾谊精通经义，对鬼神之说也有研究，便想向他请教。在宣室中，贾谊详细为汉文帝讲解了“鬼神之本”：他认为鬼神是“阴阳之气的凝聚”，祭祀鬼神的目的是“敬天保民”，提醒皇帝要“以德配天”，推行仁政，才能得到上天的庇佑。两人从黄昏一直谈到深夜，汉文帝听得入了迷，不知不觉中将自己的座位向前移动，生怕错过贾谊的每一句话。谈论结束后，汉文帝感慨地说：“我很久没有见到贾生了，自以为这些年我的见识已经超过了他，今天才知道，我还是比不上他啊！”